Algunas de las fracciones que componen los residuos sólidos urbanos son de naturaleza inerte. Las fracciones orgánicas son las que están sometidas a procesos biológicos. La biodegradabilidad de estas origina la producción natural de biogases y de productos prácticamente inertes que se integran en el medio natural.
Todos los procesos de recuperación que buscan la producción de fertilizantes y el aprovechamiento energético del biogás, precisan del completo conocimiento de estos mecanismos.
La biodegradabilidad de los productos orgánicos, componentes del ecosistema, están sometidos a la acción de otros organismos que producen en ellos transformaciones fundamentales de su naturaleza. Según estas transformaciones ocurran en presencia o en ausencia de distintos microorganismos, los productos serán diferentes, con una dinámica de tiempo, olores y otros parámetros muy variados.
Las transformaciones biológicas precisan de unas determinadas condiciones y materia orgánica con los suficientes nutrientes para que se desarrollen las bacterias y los microorganismos. Las fracciones más biodegradables son los restos de comida y de jardinería, y los menos biodegradables son el papel y el cartón. Los procesos de transformación biológica van acompañados de la producción de biogás y de las reacciones secundarias que pueden producir sulfuros metálicos y otros compuestos que, con el paso del tiempo, son foco de los olores característicos de la fermentación de los residuos sólidos urbanos.
Los peligros medioambientales de los residuos sólidos urbanos se desprenden de sus características químicas y bacteriológicas en cuanto entran en contacto con el suelo y el agua, y, por tanto, sus riesgos como factor de contaminación aparecen cuando son liberados de forma incontrolada en el medio ambiente.
La contaminación puede producirse por vertido en el terreno, por contacto hídrico o por emisión cuando se trata de gases liberados a la atmósfera y producido en los procesos de transformación biológica. En estos procesos también se producen biogases de diversa naturaleza según la fermentación sea aeróbica o anaerobia, gases que también afectan al equilibrio medioambiental.
Merecen mención aparte las pequeñas fracciones de peligrosidad concreta, como pilas usadas, residuos sanitarios y residuos tóxicos y peligrosos que se producen en los hogares. La producción de olores proviene de las fracciones orgánicas de los residuos sólidos urbanos que, en sus fases de transformación, producen compuestos complejos sulfurados como el metil mercaptano. Incluso los biogases producto de fermentaciones controladas, son ricos en metano, y perjudican gravemente a la capa de ozono y favorecen el efecto invernadero.
Otro riesgo medioambiental es la proliferación de vectores indeseados, insectos y roedores, quepueden causar riesgos de propagación de enfermedades. También debe mencionarse que las lluvias pueden arrastrar algunas fracciones de los residuos abandonados sin control hasta los cauces de agua. De acuerdo con la naturaleza de las fracciones arrastradas, la contaminación de las aguas tanto superficiales como subterráneas puede ser grave y afectar a la cadena alimenticia y al medio ambiente. Un último problema ambiental lo produce el abandono de residuos, que modifica el paisaje y crea impactos visuales negativos.