La fermentación aerobia consiste en la asimilación de la materia orgánica por parte de microorganismos en presencia de oxígeno y nutrientes, de acuerdo a la siguiente reacción:

Este proceso de fermentación aerobia de la materia orgánica se produce en tres fases secuenciales desde las primeras descomposiciones microbianas de la materia orgánica hasta la estabilización del producto con la producción de H20 y CO2. Estas fases son las siguientes:
Fase mesófila. Esta fase se caracteriza por una reacción de síntesis o de asimilación, consistente en la asimilación de elementos nutritivos, de materia orgánica, a los microorganismos, utilizando una parte de los compuestos orgánicos como fuente de energía y otra para formar nueva masa de microorganismos. Las reacciones globales corresponden a:

Nutrientes: El protoplasma celular de los microorganismos, además de C, H y 0, contiene otros elementos como el N, P. S. Na. Ca. K, Mg, Fe... denominados nutrientes. A pesar de que muchos de ellos se encuentran sólo en pequeñas cantidades (trazas), son fundamentales para el desarrollo de la síntesis biológica. Las cantidades precisas de nutrientes dependen de las características de la materia orgánica a degradar y del tipo de tratamiento biológico seguido. Por lo general, la materia orgánica procedente de residuos sólidos urbanos, o los lodos de depuradora contienen todos los nutrientes requeridos para el adecuado crecimiento de las células, y, sólo en casos excepcionales como vertidos industriales importantes, etc..., será necesaria su dosificación.