Además de las superaciones de los niveles máximos permitidos, se han encontrado niveles menores de dioxinas en muchos alimentos. Si bien estas sustancias no causan problemas inmediatos en la salud, la exposición a largo plazo de personas y animales a las dioxinas y sus derivados puede tener graves consecuencias, incluidos varios tipos de cáncer. Su persistencia y su capacidad de acumulación, principalmente en el hígado y en la grasa, plantea serios problemas ambientales y de salud. Además, son muy volátiles y se pueden encontrar a varios kilómetros del foco de emisión. Estos contaminantes afectan incluso a la calidad de la leche y de los huevos de los animales de los alrededores.

Las dioxinas y compuestos similares, como los PCB, incluyen una amplia gama de sustancias tóxicas que se forman durante la combustión de materia orgánica a determinadas temperaturas, como ocurre por ejemplo en las incineradoras de residuos (o las cementeras que queman residuos) y durante algunos procesos industriales. Además, la incineración genera micropartículas, cenizas y escorias altamente tóxicas, que luego hay que llevar a vertederos de seguridad.

Además de la contaminación que genera, Ecologistas en Acción reitera su rechazo a la incineración de residuos por agravar el cambio climático, destruir valiosos materiales que deberían ser reutilizados, reciclados o compostados, como papel, plásticos y restos orgánicos, y por ser incompatible con la reutilización, el reciclaje y el compostaje.

Es una opción muy cara (la construcción de una incineradora cuesta cientos de millones de euros, por no mencionar su mantenimiento), detrae fondos que podrían destinarse a la reducción, la recuperación y el reciclaje y genera muchos menos puestos de trabajo que los programas de basura cero.

En cuanto a la producción de electricidad por estas instalaciones, numerosos estudios coinciden en que su eficiencia es muy pequeña, las emisiones de CO₂ proporcionalmente son más elevadas que las de otras tecnologías de generación eléctrica y el ahorro energético que se podría obtener con medidas de prevención, reutilización y reciclaje es muy superior a la energía que se recupera en una incineradora.