El estudio del ciclo de vida de un determinado producto biocombustible básicamente contabiliza los flujos de materiales y energía durante el proceso de plantación y transporte de la materia prima, su transformación en biocombustible y, finalmente, el consumo de éste. Permite evaluar si el producto biocombustible presenta un rendimiento energético neto positivo o negativo o si produce emisiones positivas o negativas de un material contaminante ambiental (como los gases de efecto invernadero). Uno de los índices que se utilizan para valorar el rendimiento energético es la «ratio de energía fósil». El estudio de 1998 cifraba la ratio de energía fósil del biodiésel de soja en 3,2; es decir, se producen 3,2 unidades de energía por cada unidad de combustible fósil utilizada en su producción.

Por el contrario, el gasóleo derivado del petróleo tiene una ratio de energía fósil de tan sólo 0,84. En este último estudio del ciclo de vida, se estima que la ratio de energía fósil del biodiésel de soja es mucho mayor (es decir, mucho mejor), cifrándose en 4,56. Este valor tan mejorado (basado en los datos de producción de soja de 2002) se atribuye a los siguientes factores: (1) mejores instalaciones de trituración de soja (energéticamente más eficientes), (2) mejores rendimientos (agrícolas) de la soja, y (3) menor consumo de fertilizantes y pesticidas.